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総合研究所は、平成２１年度からの公立大学法人化にあたり大幅な改組を行い、学術研究の領域において世界最先端を競うことをその使命として再定義しました。
すなわち、世界に向かって優れた学術研究の成果を発信し、これにより世界中から研究者が交流と協働を求めて参集するような研究ネットワークの結節点となることを目指します。
総合研究所は、優れた研究者が自らの責任において、自由に、創造的な研究を展開できる「場」として平成１１年度に開設されました。これまで複数の研究センターが置かれていましたが、このうち産学連携や地域貢献に優れた実績を有するものはあらたに設置された地域連携機構に移行し、さらなる実践的成果の集約をはかることとしました。
平成２１年度は、「博物資源工学センター」と、「マテリアルデザインセンター」の２つの研究センターが総合研究所の構成メンバーとなります。
また、総合研究所の中に重点研究室を配置することとし、人材や資金の重点投資を通じて将来的に独立センターとして発展することも見据えたダイナミックな組織運営を目指します。
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